在长江流域以南地区，每年惊蛰过后当水温回升到15℃以上时，鳄龟冬眠结束，逐渐复苏并恢复摄食。

当水温上升到20℃以上时，开始发情交配(又称交尾)。交配盛期一直延续到10月份。发情交配时间一般在傍晚进行。在野生水域中，鳄龟的初次成熟择偶处于随机状态。据观察，鳄龟在封闭性的生态环境中，其择偶表现得较为专一，特别是5龄以上的雌性大鳄龟，在平时生活中与雄鳄龟形影不离，往往结伴同行，即使在非交配季节，当配偶一方失踪时另一方仍会在失踪处寻找等候。

雄鳄龟交配前有明显的发情行为：潜游、戏水。雄鳄龟在沿岸浅水追逐雌鳄龟，若同时有其他雄鳄龟，则会发生撕咬争斗现象。当发情到高潮时，雄鳄龟用四肢紧抱雌鳄龟，骑背交配。此时雄鳄龟尾部下垂使泄殖孔与雌鳄龟泄殖孔对接，并将其交接器插人雌鳄龟泄殖腔内，输射精液至输卵管内，精卵在输卵管上端结合，完成受精过程。发情追逐时间可达5---6小时，而交配过程仅5-8分钟即完成。经过2-3周后鳄龟再行交配，通常一年可交配2-3次。